Über die Originalfenster im Meinerzhagener Bauwerk gibt es keine Nachricht. 1846 und 1902 wurden alle Fenster neu verglast. Von 1846 sind die Querschiffverglasungen in harter Farbgebung mit Blüten- und Blattornamenten im Vierpaß des Bogenfeldes erhalten. Von 1902 stammen die Kleeblattfenster im Obergaden und die Verglasungen der Emporenradfenster. Die restaurierten Rundbogenfenster im Erdgeschoß wurden mit einer schlichten Verglasung aus rechteckig gefaßtem, hell getöntem Antikglas ausgestattet. Die Apsisfenster erhielten 1928 eine neue Verglasung. Ikonologisch gehören sie zusammen. Sie zeigen Jesus Christus in Taufe, Abendmahl und Auferstehung. Die Texte im Fußteil betonen die siegesgewiß dargestellte Verheißung für die christliche Gemeinde.
Das einzige Ausstattungsstück aus der Entstehungszeit der Kirche, das sich heute noch in ihrem Besitz befindet, ist das steinerne Taufbecken. Es ist aus Syenit (Ruhrkohlensandstein), mit achteckig facettiertem Becken auf achtrippigem Kelchkorpus, der auf einem Sockel ruht. Das Becken ist von acht Säulen mit attischen Basen auf Viereckbodenplatten gestützt. Die Kapitelle mit Blatt- und Punktverzierung erwachsen aus dem Rundbogenfries des unteren Beckenrandes. Das Werk ist 0.69 m hoch und hat einen Beckendurchmesser von 0.98 m. Der Taufstein ist rheinischen Ursprungs, er gehört zu einer Typenfamilie, die im Rheinland weit verbreitet war. Er muß etwa gleichzeitig mit der Kirche entstanden sein, ist also das Werk eines spätromanischen Künstlers. Er ist heute in der Vierung aufgestellt.
Der heutige Altar - ein schlichter Steintisch - ist in der erhöhten Apsis aufgestellt; am südöstlichen Vierungspfeiler steht die Kanzel. Beide sind aus Lindlarer Grauwacke gearbeitet und ergänzen harmonisch den grauen Steinplattenfußboden und die Quaderausmalung der Architekturteile. Altarkreuz und Taufsteinschale sowie das Gittertürchen vor dem wieder aufgedeckten Sakraments-häuschen sind aus Bronze, geschaffen von dem Kiersper Künstler Waldemar Wien.
Im Eingangsbereich der Kirche an der nördlichen Turmwand hängt ein überlebensgroßer Kruzifixus, 1949 von Prof. Gorsemann, Bremen, aus dem angekohlten Balken eines bombenzerstörten Hauses aus dem 2. Weltkrieg geschnitzt. Christus ist hier nicht als der Leidende mit der Dornenkrone dargestellt, wie er uns als Figur vieler Kunstwerke aus allen Epochen der Kunstgeschichte bekannt ist, sondern verkörpert mit seiner aufrechten Haltung, dem unbeirrbar würdevollen Ausdruck des Gesichts den triumphator mundi der frühen Christenheit, der im Triumphkreuz romanischer Kirchen sein Vorbild hat. Auf die Aussage dieses Kruzifixus gründet sich die Wahl des neuen Namens "Jesus-Christus-Kirche" für die alte Wallfahrtskirche, deren erster Name "Unser liewen Vrowen" mit der alten Funktion vergangen war.
Im südlichen Emporengeschoß bewahrt die Kirchengemeinde in Schaukästen die wertvollen Bauzierfunde von 1968 auf sowie den gußeisernen Doppelepitaph des Ehepaares Engelbert und Anna Margaretha von Neuhof gen. Ley. Er stammt aus dem späten 17. Jahrhundert. Vordem deckte er die Grabstätte im Querschiff. Unter den Wappen, die die obere Hälfte des Epitaphs einnehmen, wird der Blick durch einen kunstvoll gerafften Vorhang auf den Text gelenkt, der von der Vorhangschnur geschickt geteilt ist. Von den Grabplatten, die bis 1846 den Fußboden im östlichen Teil der Kirche lückenlos bedeckten, ist diese die einzige, die uns erhalten blieb.