Der vorerst letzte Abschnitt der Renovierung wurde im Jahre 2003 vollendet. Der Schwerpunkt der Renovierungsarbeiten lag in der Neugestaltung des Kircheninnenraumes.

Die Kirche erhielt einen komplett neuen Innenanstrich. Die etwas kühleren Grautöne der Wandbemalung wurden ersetzt durch eine wärmere und besser zu den Natursteinen passende Farbgestaltung.

Die so genannten Prinzipalstücke Kanzel, Taufstein und Altar wurden neu platziert und haben in harmonischer Anordnung einen zentralen Platz auf dem Altarpodest gefunden.

An einem Rundbogen des nördlichen Seitenschiffes wurden Fragmente alter Malereien gefunden. Diese wurden aufgearbeitet und so den Besuchern wieder zugänglich gemacht. Der Vergleich mit diesen alten Malereien bestätigt die gelungene Komposition der neuen Innenraumgestaltung.

Auch die technischen Installationen wurden umfangreich erneuert. Die Beleuchtungs- und Beschallungsanlage wurden vollständig ersetzt. Hervorzuheben sind die Beleuchtungskörper, die speziell für die Jesus-Christus-Kirche konstruiert und gebaut wurden. Sie erinnern symbolhaft an ein Kreuz als das Zeichen des christlichen Glaubens.

(Ergänzung und Aktualisierung des Textes aus: „Die Rheinische Emporenbasilika in Meinerzhagen, Westfälische Kunststätten, Heft 46, 1986“ durch Matthias Scholand)