Über die Originalfenster im Meinerzhagener Bauwerk gibt es keine Nachricht. 1846 und 1902 wurden alle Fenster neu verglast. Von 1846 sind die Querschiffverglasungen in harter Farbgebung mit Blüten- und Blattornamenten im Vierpaß des Bogenfeldes erhalten. Von 1902 stammen die Kleeblattfenster im Obergaden und die Verglasungen der Emporenradfenster. Die restaurierten Rundbogenfenster im Erdgeschoß wurden mit einer schlichten Verglasung aus rechteckig gefaßtem, hell getöntem Antikglas ausgestattet. Die Apsisfenster erhielten 1928 eine neue Verglasung. Ikonologisch gehören sie zusammen. Sie zeigen Jesus Christus in Taufe, Abendmahl und Auferstehung. Die Texte im Fußteil betonen die siegesgewiß dargestellte Verheißung für die christliche Gemeinde.

Die Fenster fertigte L. Preckel, ein Schüler Thorn-Prikkers. Die Behandlung der Körper, ihre Haltung und Anatomie in Blei und Schwarzlotzeichnung läßt auf die nahe Kleeblattfenster Thorn-Prikker-Schule und ihre Beeinflussung schließen, ebenso die Ausgewogenheit der Komposition, die die Fläche bis in die Dreiblattspitzen auszunutzen weiß. Preckel hat viele Stilmerkmale seines Meisters miteinander verwoben, darunter Symbolismus, Jugendstil, auch art nouveau, und alles verbunden mit einer unerhört expressiven Farbigkeit des Glases.